Este emprendimiento ferroturístico, hoy de renombre mundial, nace por iniciativa de las autoridades del Ferrocarril General Belgrano, quienes en noviembre de 1971, resuelven hacer correr un tren experimental con funcionarios y periodistas. El 16 de julio de 1972 se realiza el primer viaje oficial turístico, lo que se mantendrá por 18 años, hasta 1990, cuando los ferrocarriles del Estado son privatizados.
Desde 1991, el emprendimiento turístico "Tren a las Nubes" permanece en manos de capitales privados salteños.

Haciendo un poco de historia vemos que al iniciarse la explotación de los valiosos salitres de la zona de Antofagasta; extraer riquezas era muy difícil por la falta de provisiones para los mineros; los alimentos se llevaban a través de la cordillera desde los valles argentinos.

Queso, charqui, higos, eran acarreados a lomo de mula, y llevar los arreos de ganado constituía una verdadera proeza. A fines del Siglo XIX, algunos tuvieron la idea de construir un ferrocarril que fuera hasta el norte de Chile para facilitar la salida de los minerales, aumentando el comercio entre los dos países. La intención era tender los rieles por el paso de Huaytiquina por el cual se llevaba el ganado.

Los estudios fueron postergando la obra hasta que en 1921 el Presidente Yrigoyen autorizó su construcción; encomendando la dirección de esta obra al ingeniero norteamericano Ricardo Fontaine Maury. Así el primer riel del transandino del norte (otro de sus nombres), se colocó el 20 de febrero de 1921, estando previsto terminarlo en seis años; pero sólo en 1948 se unieron las vías chilenas y argentinas en Socompa; siendo en febrero de ese mismo año cuando el tren partió de Socompa llegando a Salta al día siguiente.