Cuando en 1945 detuvieron a Perón, la "señorita radio" movilizó a los sindicatos para que lo liberaran; una vez libre, se casó con él. Participó en ese año y el siguiente en la campaña presidencial de su marido, ganándose la adulación de las masas, a los que ella llamó "descamisados".Y cuando un año más tarde accedió a la presidencia, ella se convirtió en una poderosa líder a su lado. A pesar de que nunca tuvo un puesto oficial en el gobierno, Evita actuó de facto como Ministro de Salud y Trabajo, premiando generosamente a los trabajadores a través del aumento de sus salarios, quienes respondieron con el apoyo político a Perón. Luego de eliminar los subsidios a la tradicional Sociedad de Beneficencia, ganándose gran cantidad de enemigos en la elite tradicional, la reemplazó con la Fundación Eva Perón, la cual fue sostenida por uniones "voluntarios" y contribuciones más aportes de la lotería nacional y otros fondos. Estos recursos fueron utilizados para establecer cientos de hospitales, escuelas, orfanatos, casas para personas de edad y otras instituciones de caridad.
Evita fue gran responsable del voto femenino y formó el Partido Feminista Peronista en 1949. También introdujo la compulsiva educación religiosa en todas las escuelas argentinas. En 1951, a pesar de padecer de cáncer, fue nominada para la vicepresidencia, pero el ejército la forzó a renunciar a tal candidatura. Esto fue un punto que marcó su declive político.