En el 2002 después de años de insistencia, el trabajo de los organismos de derechos humanos y otras organizaciones sociales, permitió que con el apoyo de la Subsecretaría de Derechos Humanos del Gobierno de la Ciudad y otros organismos porteños, comenzara un consistente trabajo de investigación que expresó voces, testimonios, memorias, pérdidas, dolores, sufrimientos, militancias y vivencias de quienes pasaron por el Centro Clandestino “Club Atlético”.

La Comisión de Trabajo y Consenso del Proyecto de Recuperación de la Memoria del “Club Atlético”, fue elogiada por la mayoría de las organizaciones de derechos humanos. Participaron las Madres de Plaza de Mayo Línea Fundadora, el Servicio de Paz y Justicia, el Centro de Estudios Legales y Sociales, la Asamblea Permanente por los Derechos Humanos, el Movimiento Ecuménico por los Derechos Humanos, las Abuelas de Plaza de Mayo, Hijos por la Identidad y la Justicia contra el Olvido y el Silencio, la Asamblea de San Telmo, la Red de Organizaciones Sociales de San Telmo, Encuentro por la Memoria, Familiares de Desaparecidos y Detenidos por Razones Políticas, La Fundación Memoria Histórica y Social Argentina, sobrevivientes y familiares de desaparecidos del CCD “Club Atlético”, la Unión de Trabajadores de Prensa de Buenos Aires y distintas áreas del Gobierno de la Ciudad de Bueno Aires, como la Subsecretaría de Derechos Humanos, la Secretaría de Infraestructura y Planeamiento, la Dirección General del Casco Histórico, el Centro de Gestión y Participación Nº1, y Autopistas Urbanas Sociedad Anónima.

En la coordinación del proyecto estuvieron Ana Barrio y Marcelo Castillo. En el trabajo de reconstrucción de la memoria. se priorizó rescatar la historia y los testimonios de los sobrevivientes y sus familiares desaparecidos. Cada una de las entrevistas tomadas, fue devuelta y corregida por los entrevistados. Varios ejes fueron centrales en la investigación: el contexto histórico en la Argentina, la militancia, la dictadura, la resistencia, los secuestros, los represores, la cotidianidad en el Centro Clandestino el Atlético, el adentro y el afuera, la búsqueda, las denuncias en el exterior, los escraches, el significado de la excavación en el pasado, en el presente y en el futuro. En la investigación la Comisión digitalizó más de 5 mil documentos.
Para el coordinador del proyecto Marcelo Castillo, lo más valioso es “la demostración real y concreta de la muestra, de que hay posibilidades de construir relatos colectivos que permitan crecer a todos”. Los tres ejes centrales de la comisión son la ampliación del trabajo y la investigación, la excavación en sí misma y la difusión. Sobre los cimientos del Centro Clandestino de detención “El Atlético”, que se comenzó a demoler a fines de 1979, se construyó la autopista.

Con el trabajo de excavación fue posible encontrar restos de los muros de las celdas con las inscripciones de los detenidos; analizar a más 20 mil objetos y fragmentos; encontrar los tabiques divisorios de las celdas de aislamientos; hallar materiales relacionados con el depósito de suministros policiales, como numerosos fragmentos de uniformes, zapatos, gorras, cachiporras, restos de ropa, envases de plástico, botellas y monedas. Hasta se encontró una pelotita de ping pong, juego que frecuentaban los torturadores.