El territorio comprendido por la Cuenca Matanza Riachuelo abarca la Ciudad Autónoma de Buenos Aires y 14 municipios de la provincia: Lanús, Avellaneda, Lomas de Zamora, Esteban Echeverría, La Matanza, Ezeiza, Cañuelas, Almirante Brown, Morón, Merlo, Marcos Paz, Presidente Perón, San Vicente y General Las Heras.
Dentro de la CMR se pueden distinguir tres áreas: Cuenca Alta, Cuenca Media y Cuenca Baja. Esta división se debe a razones geográficas, económicas, políticas, sociales y a las diversas problemáticas que atraviesan las regiones.
La zona cuenta con un territorio de aproximadamente 2.200 km2, por donde discurren los 64 km de extensión del sistema hídrico integrado por los ríos Matanza y Riachuelo. Se trata de la zona más urbanizada e industrializada de Argentina, con una alta densidad poblacional. Los datos del último censo arrojan que son más de 8 millones de personas las que habitan la región.