Sobre el origen del término Conquista del Desierto hay dos teorías. Según una de ellas, se denominó así debido a las condiciones geográficas de la Patagonia, que presentaba un clima desértico. Según otra, la denominación deriva más del etnocentrismo del gobierno argentino: la región estaba completamente deshabitada de gente de raza blanca y civilización europea. Sólo estaba poblada por indígenas nómadas, que eran considerados como animales, por lo tanto, era un "desierto."

La región se encontraba habitada originariamente por pueblos indígenas de etnia tehuelche, quienes posteriormente fueron conquistados, mestizados y asimilados por los mapuches, provenientes desde Chile.

Los mapuches comenzaron a llamar la atención del gobierno argentino por sus continuos ataques a caballo hacia las estancias aledañas, de las cuales sustraían ganado para venderlo en Chile y secuestraban mujeres, quienes eran trasladadas a los asentamientos indígenas.

La ley que promulgaba la conquista, decía que la presencia del indio impide el acceso al inmigrante que quiere trabajar.
Otro de los motivos que suelen citarse para justificar la Conquista del Desierto era el temor del presidente Nicolás Avellaneda a una posible invasión y conquista por el ejército chileno que ya había conquistado numerosos territorios durante la Guerra del Pacífico. Una vez concluida la Guerra del Pacífico, Chile se dedicó de lleno a dominar a los indígenas al sur del río Bío-Bío, antigua frontera entre el Imperio Español y el pueblo mapuche, en una operación que en la historia de Chile se llama, eufemísticamente, Pacificación de la Araucanía.

Roca, al mando de un ejército moderno y bien pertrechado, conquistó la Patagonia oriental venciendo la resistencia de los pueblos originarios de etnia mapuche, causando una gran cantidad de víctimas y desplazando a las poblaciones restantes a regiones periféricas. Se estima que la campaña fue causa directa de la muerte de más de mil indígenas.
Las tribus que sobrevivieron fueron desplazadas a las zonas más periféricas y estériles de la Patagonia. Unos 10.000 nativosfueron tomados prisioneros y unos 3.000 enviados a Buenos Aires, donde eran separados por sexo, a fin de evitar que procrearan hijos.

Las mujeres fueron dispersas por los diferentes barrios de la ciudad como sirvientas, mientras una parte de los hombres fueron enviados a la isla Martín García, donde murieron, en su gran mayoría, a los pocos años de reclusión.